Son órganos rectores da Confraría a Xunta Xeral ou Asemblea, o Cabildo ou Comisión Permanente e o Patrón Maior.
A Xunta Xeral é o órgano superior de goberno e decisión da Confraría, nela están representados tódolos profesionais do sector afiliados á mesma. Actúa como órgano de control e fiscalización dos restantes órganos rectores da Confraría. Os acordos que adopte obrigan á totalidade dos afiliados. Os membros elíxense mediante sufraxio universal por un período de catro anos, podendo ser reelixidos por periodos de igual duración ata un máximo de tres mandatos consecutivos.
A Xunta Xeral está composta por 12 membros e presidida polo Patrón Maior, asistido polos Vicepatróns maiores e o secretario.
O Cabildo é o órgano de goberno, xestión e administración da Confraría. Está presidido polo Patrón Maior e composto por 6 vocais dos que dous serán obrigatoriamente os Vicepatróns maior, primeiro e segundo e polo secretario. O Vicepatrón maior primeiro ocupao Dª. María Remedios Dosil Gonzalez, como Vicepatrón Maior 2º, Cándido Insua Dominguez, Presidente de Armadores, Andres Dominguez Beiro, Presidenta da Agrupación de Mariscadoras, María Pilar Dosil Sestayo, e como secretario, Emilio Louro Lamela.
O Patrón Maior é o órgano representativo da Confraría, preside a Xunta Xeral e o Cabildo, participando nas súas reunións con voz e voto. É elexido pola Xunta Xeral de entre os seus membros. Na actualidade desempeña o cargo de Patrón Maior, D. JUAN MANUEL GOMEZ LEIS.
